Misija Fakulteta je da primjenom suvremenih edukacijskih i istraživačkih metoda obrazuje magistre farmacije opšteg profila, osposobljene da odgovorno i kompetentno obavljaju sve segmente farmaceutske djelatnosti vezane za lijek, kao i hranu i dodatke prehrani, kozmetiku, te biohemijske dijagnostičke metode i primjenu modernih analitičkih metoda. Ovako osposobljeni stručnjaci će aktivno doprinositi razvoju sistema zdravstvene zaštite i unapređenju zdravlja stanovništva.

Vizija Fakulteta je osigurati mjesto magistra farmacije kao ravnopravnog člana zdravstvenog tima.

Farmaceutski fakultet u Sarajevu je punopravna članica Univerziteta u Sarajevu i Međunarodne asocijacije farmaceutskih fakulteta (European Association of Faculties of Pharmacy, EAFP).