Misija Fakulteta je da primjenom suvremenih edukacijskih i istraživačkih metoda obrazuje magistre farmacije opšteg profila, osposobljene da odgovorno i kompetentno obavljaju sve segmente farmaceutske djelatnosti vezane za lijek, kao i hranu i dodatke prehrani, kozmetiku, te biohemijske dijagnostičke metode i primjenu modernih analitičkih metoda. Ovako osposobljeni stručnjaci će aktivno doprinositi razvoju sistema zdravstvene zaštite i unapređenju zdravlja stanovništva.
Vizija Fakulteta je osigurati mjesto magistra farmacije kao ravnopravnog člana zdravstvenog tima.
Farmaceutski fakultet u Sarajevu počeo je s radom 16. 11. 1973. godine kao Odsjek za farmaciju pri Medicinskom fakultetu Univerziteta u Sarajevu. Samostalna radna organizacija postao je odlukom Savjeta Univerzitetsko-medicinskog centra u Sarajevu 1974. godine, kada je i odlukom Savjeta Univerziteta u Sarajevu postao član Univerziteta. Prvi dekan je bila van. prof. dr. Blanka Bobarević
Farmaceutski fakultet je osnovan kao interdisciplinarni studij između Medicinskog i Prirodno-matematičkog fakulteta u Sarajevu. Misija Fakulteta je da obrazuje farmaceute općeg profila koji su osposobljeni za rad u apotekama, kliničko-biohemijskim laboratorijima, farmaceutskoj i kozmetičkoj industriji, laboratorijima za ispitivanje i kontrolu lijekova, bromatološkim i toksikološkim laboratorijima.
Period od 1988. do 1992. godine obilježen je intenzivnim aktivnostima vezanim za usklađivanje nastavnih planova i programa s planovima i programima farmaceutskih fakulteta na prostoru SFRJ. Kao rezultat ovih usklađivanja, usvojen je novi nastavni plan i program i po prvi put je upisana generacija studenata na petogodišnji studij 1991/92. godine.
Normalan rad i funkcioniranje nastavno-naučnog procesa na Farmaceutskom fakultetu prekinut je u maju 1992. godine, početkom agresije na BiH. Kao ustanova od posebnog društvenog interesa, Farmaceutski fakultet se odmah na početku agresije na Bosnu i Hercegovinu stavio u službu Civilne zaštite i Armije BiH sa svim kadrovima, opremom i oskudnim prostorom.
Početkom rata, polovinom juna 1992. godine, na Farmaceutskom fakultetu Republički štab Civilne zaštite formirao je laboratorij za RHB (radiološko-hemijsko-biološku zaštitu). Laboratorij je radio do januara 1996. godine
Poslijeratni period može se smatrati periodom oporavka, koji generalno karakterizira sve sfere bosanskohercegovačkog društva. On se može okarakterizirati kao period u kojem se nastavnici i saradnici počinju, po prvi put nakon rata, intenzivnije baviti naučnoistraživačkim radom.
Značajno je ojačana naučna i stručna baza Fakulteta. Intenzivirana je saradnja s kompanijama “Bosnalijek”, J. U. “Apoteke Sarajevo” i “Pharmamed”. U ovom periodu mnogo je urađeno na internacionalnoj promociji Fakulteta, u smislu intenziviranja saradnje po pitanju harmonizacije nastavnih planova i programa, kao i proširenja naučnoistraživačke saradnje s fakultetima u Ljubljani, Zagrebu, Beogradu, Milanu, Barceloni, Rouenu, Oslu itd. Danas je Fakultet aktivni član Unije farmaceutskih fakulteta Evrope.
Studij farmacije do školske 1991/1992. godine trajao je osam semestara, a od školske 1992. traje deset semestara. Do 1995. Godine, po završetku studija, sticalo se zvanje “diplomirani farmaceut”, a od 1995. odlukom Skupštine RBiH, koristi se stručni naziv “magistar farmacije”.
Školske 1979/1980. Na Farmaceutskom fakultetu je počeo postdiplomski studij “Farmaceutska istraživanja”, koji je do sada pohađalo sedam generacija studenata. Posljednja generacija studenata upisana je školske 2001/2002. godine.
Prateći suvremene trendove visokog obrazovanja u oblasti farmacije i principe Bolonjske deklaracije, na Fakultetu je od školske 2009/10 školske godine implementiran koncept studija “5+0+3” uz primjenu evropskog sistema za prijenos i prikupljanje bodova (European Credits Transfer System – ECTS). Polaganjem svih predviđenih ispita integriranog I i II ciklusa studija i odbranom završnog rada student stiče 300 ECTS i naziv magistar farmacije. Kroz integrirani petogodišnji studij na Fakultetu se obrazuje magistar farmacije opšteg profila, osposobljen za rad u svim oblastima vezanim za dizajniranje, proizvodnju, kontrolu, distribuciju i marketing, te ekonomičnu i racionalnu primjenu lijekova. Studenti se također obučavaju i osposobljavaju za:
- komunikaciju s pacijentom, drugim zdravstvenim profesionalcima i javnošću u cilju informisanja, savjetovanja i edukacije o lijeku i farmakoterapiji, te zdravoj prehrani i životnom stilu u cilju promocije zdravlja
- primjenu i značaj analitičkih metoda u kontroli kvaliteta lijekova, hrane i predmeta opšte upotrebe i analitičkoj toksikologiji
- primjenu i značaj laboratorijskih analiza za dijagnozu, praćenje i prognozu bolesti, te optimiziranje farmakoterapije.
Fakultet organizuje i doktorski studij, te učestvuje u izvođenju programa specijalističke profesionalne edukacije za magistre farmacije. Kroz kontinuitet naučno-istraživačkih projekata i suradnju s naučno-istraživačkim institucijama u zemlji i inostranstvu Fakultet baštini tradiciju stalnog unapređenja farmaceutske nauke i prakse
Farmaceutski fakultet u Sarajevu je punopravna članica Univerziteta u Sarajevu i Međunarodne asocijacije farmaceutskih fakulteta (European Association of Faculties of Pharmacy, EAFP).