Sistem upravljanja kvalitetom, Farmaceutskog fakulteta Univerziteta u Sarajevu, zasniva se na uvažavanju zahtjeva Standarda i smjernica za osiguranje kvaliteta u evropskom prostoru visokog obrazovanja (Standards and Guidelines for Quality Assurance in the European Higher Education Area), strateških i pravnih akata koji uređuju područje sistema osiguranja i upravljanja kvalitetom, odnosno relevantnih zakonskih odredbi i propisa, koji se odnose na visoko obrazovanje u Bosni i Hercegovini, te zahtjeva međunarodnog standarda ISO 9001:2015.
Farmaceutski fakultet Univerziteta u Sarajevu je trajno orijentiran na poboljšanje svih svojih procesa, naručito nastavnog i naučno-istraživačkog, što dokazuje posjedovanjem certifikata za sistem upravljanja kvalitetom ISO 9001:2015. Ovim certifikatom se dokazuje da je sistem upravljanja kvalitetom Farmaceutskog fakulteta u Sarajevu usklađen sa zahtjevima međunarodnog standarda ISO 9001:2015. Standard se primjenjuje u svim procesima Farmaceutskog fakulteta Univerziteta u Sarajevu: naučnom i istraživačkom radu, nastavnom, administrativnom i upravljačkom.
Uprava Farmaceutskog fakulteta je odgovorna za sistem upravljanja kvalitetom, a aktivnosti vezane uz sistem koordinira prodekan za kvalitet. Prodekan za kvalitet surađuje sa Odborom za osiguranje kvaliteta Farmaceutskog fakulteta u Sarajevu-tijelom koje najviše sudjeluje u aktivnostima vezanim uz osiguranje i upravljanje kvalitetom nastavnog i naučno-istraživačkog procesa.